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Dr. Jonathan Maldonado

Cargo: 
Dpto. de Biología. Laboratorio de Multiómica Vegetal y Bioinformática.
E-mail: 
jonathan.maldonado@usach.cl
Biografía: 
El Dr. Maldonado es Ingeniero en Biotecnología Molecular de la Universidad de Chile (2009) luego de defender la tesis titulada “Identificación de rutas metabólicas involucradas en la síntesis de compuestos con propiedades aromáticas en Fragaria chiloensis (frutilla blanca)”. En 2012 obtiene la beca de Doctorado Nacional CONICYT y realiza su Tesis Doctoral en el Instituto de Nutrición y Tecnología de los Alimentos de la Universidad de Chile (INTA) dentro del programa de Doctorado en Ciencias, mención Biología Molecular, Celular y Neurociencias de la Facultad de Ciencias, Universidad de Chile (BMCN). En 2017 obtiene el grado de Doctor defendiendo la tesis Reconstrucción de genomas de bacterias del suelo mediante análisis de cambios de abundancia entre dos condiciones de pH para evidenciar mecanismos de adaptación a pH taxa-específicos”. Realizó un postdoctorado en el Centro de Excelencia FONDAP “Centro de Regulación del Genoma (CRG)” con el Dr. Mauricio González Canales del INTA-UChile (2018-2019).
Posteriormente realiza un postdoctorado ANID-FONDECYT en el laboratorio del Dr. Rodrigo Gutiérrez de la Pontificia Universidad Católica de Chile con el título “Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doellii ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno” (2019-2021).
El Dr. Maldonado fue contratado en 2022 mediante concurso ANID-SIA por la Universidad de Santiago de Chile como Investigador y Profesor Asistente del Departamento de Biología, Facultad de Química y Biología, donde actualmente dirige el Laboratorio de Multiómica Vegetal y Bioinformática y es miembro del claustro del Doctorado en
Biotecnología. Además, es Investigador Joven en el Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio).
Con más de 10 años trabajando en biotecnología y bioinformática ha planificado y ejecutado proyectos colaborativos nacionales e internacionales FONDECYT, CORFO, FONDAP, FIA y Núcleos Milenio.
Lineas de Investigación: 
Durante su carrera científica ha conversado principalmente con dos líneas de investigación: Por una parte, junto al Dr. Herman Silva (UChile), Dra. Lee Meisel (UChile), Dra. Karina Ruiz (UAP), Dra. Nathalie Kuhn (UCValparaíso), Dra. Talía del Pozo (UMayor), Dra. Giovanna Sotil (UNMSM, Perú), entre otros, ha explorado distintos fenómenos
biológicos que se asocian a problemas de producción y postcosecha en frutales, otras plantas de interés económico y en peces. Estos trabajos han incluido el estudio de la respuesta transcriptómica de distintas especies ante estrés hídrico y/o salino, aplicación de hormonas, déficit de nutrientes, entre otros, y a problemas de postcosecha como la partidura en cereza y ablandamiento de duraznos. Por otro lado, junto al Dr. Mauricio González (UChile), Dra. Dinka Mandakovic (UMayor), Dr. Francisco Cubillos (USACH), Dr. Gil Eshel (NYU, USA), Dra. Giovanna Sotil (UNMSM, Perú), y Dra. Patricia Águila (UAustral), entre otros, ha explorado las propiedades taxonómicas y funcionales de comunidades microbianas (bacterias y hongos) que crecen en zonas extremas de Chile y Perú, su ecología a distintas escalas y las posibles interacciones con la flora de dichas zonas. Actualmente investiga en laboratorio si plantas nativas del Desierto de Atacama pueden modular el microbioma del suelo a condiciones favorables bajo la hipótesis de que este microbioma contiene elementos funcionales favorables o potenciadores para el desarrollo de la planta bajo condiciones de déficit de nutrientes y condiciones ambientales adversas.
Proyectos: 
  • Investigador responsable proyecto ANID Subvención a la Instalación en la Academia SIA-2022/ SA77210103 titulado: “Fortalecimiento de la investigación y docencia del Doctorado en Biotecnología de la Facultad de Química y Biología de la Universidad de Santiago de Chile, con énfasis en el área Vegetal y en la colaboración científico-académica a través de ómicas”. (2022-2024)
  • Co-Investigador en proyecto ANID-FONDECYT N° 1231491 titulado: “Temporal Network Analysis of Sweet Cherry Fruit Ripening: using plant growth regulators to unravel the cross-talk between developmental and environmental cues”. Investigador responsable: Dra. Lee Meisel. (2023-2026)
  • Colaborador en proyecto FIA PYT-2023-0671 titulado: “Desarrollo, validación e implementación de una técnica eficiente de identificación para Cytospora y Pseudomona en cerezo”. Investigador responsable: Dra. Talía del Pozo. (2023-2026)
  • Colaborador en proyecto ANID-FONDECYT de Iniciación N°11221186 titulado: “Participation of the auxin-gibberellin negative regulatory module during the fruit ripening initiation in the non-climacteric sweet cherry: Towards a seed-fruit interaction multiscale model”. Investigador responsable: Dra. Nathalie Kuhn. (2022-2024)
  • Investigador responsable de proyecto ANID-FONDECYT Postdoctorado N°3190194 titulado: “Contribución del microbioma rizosférico a la tolerancia de Hoffmannseggia doellii ante cambios en la disponibilidad de nitrógeno”. Institución patrocinante: Pontificia Universidad Católica de Chile. Investigador patrocinante: Dr. Rodrigo Gutiérrez. (2019-2021)
Últimas Publicaciones: 
1. Núñez, D., Jiménez, P., Cortez-San Martin, M., Cortes, C., Cárdenas, M., Michelson, S., Garay, T., Vecchiola, M., Céspedes, A., Maldonado, J. E., & Vásquez-Martínez, Y. (2024). Molecular and Phylogenomic Analysis of a Vancomycin Intermediate Resistance USA300LV Strain in Chile. Microorganisms, 12(7).
 
2. Copier, C., Osorio-Navarro, C., Maldonado, J. E., Auger, J., Silva, H., & Esterio, M. (2024). A Conservative Mutant Version of the Mrr1 Transcription Factor Correlates with Reduced Sensitivity to Fludioxonil in Botrytis cinerea. Pathogens, 13(5). 
https://doi.org/10.3390/10.3390/pathogens13050374
 
3. Kobayashi, S., Maldonado, J. E., Gaete, A., Araya, I., Aguado-Norese, C., Cumplido, N., Díaz, S., Espinoza, A., Fernández, E., Gajardo, F., González-Ordenes, F., Hauyon, K., Maldonado, P., Maldonado, R., Pochet, I., . . . School Earwig Genome, Consortium. (2023). DNA sequencing in the classroom: complete genome sequence of two earwig (Dermaptera; Insecta) species. Biological Research, 56(1), 6.
 
4. Mandakovic, D., Aguado-Norese, C., García-Jiménez, B., Hodar, C., Maldonado, J. E., Gaete, A., Latorre, M., Wilkinson, M. D., Gutiérrez, R. A., Cavieres, L. A., Medina, J., Cambiazo, V., & Gonzalez, M. (2023). Testing the stress gradient hypothesis in soil bacterial communities associated with vegetation belts in the Andean Atacama Desert. Environmental Microbiome, 18(1), 24.
 
5. Ormeño, M. A., Maldonado, J. E., González, M., Silva, H., & Covarrubias, J. I. (2023). Evaluation of a Red Grape Marc Extract as a Natural Nitrification Inhibitor and its Effect on Soil Bacterial Community. Journal of Soil Science and Plant Nutrition, 23(2), 2708-2722.
 
6. Aguila-Torres, P., Gonzalez, M., Maldonado, J. E., Miranda, R., Zhang, L., Gonzalez-Stegmaier, R., Rojas, L. A., & Gaete, A. (2022). Associations between bacterial communities and microplastics from surface seawater of the Northern Patagonian area of Chile. Environmental Pollution, 306, 119313.
 
7. Battistoni, B., Salazar, J., Vega, W., Valderrama-Soto, D., Jiménez-Muñoz, P., Sepúlveda-González, A., Ahumada, S., Cho, I., Gardana, C. S., Morales, H., Peña-Neira, Á., Silva, H., Maldonado, J., González, M., Infante, R., . . . Pacheco, I. (2022). An Upgraded, Highly Saturated Linkage Map of Japanese Plum (Prunus salicina
Lindl.), and Identification of a New Major Locus Controlling the Flavan-3-ol Composition in Fruits. Frontiers in Plant Science, 13.
 
8. Carrasco, B., Arévalo, B., Perez-Diaz, R., Rodríguez-Alvarez, Y., Gebauer, M., Maldonado, J. E., García-Gonzáles, R., Chong-Pérez, B., Pico-Mendoza, J., Meisel, L. A., Ming, R., & Silva, H. (2022). Descriptive Genomic Analysis and Sequence Genotyping of the Two Papaya Species (Vasconcellea pubescens and Vasconcellea
chilensis) Using GBS Tools. Plants, 11(16), 2151.
 
9. Díaz-Silva, M., Maldonado, J., Veloso, P., Delgado, N., Silva, H., & Gallardo, J. A. (2022). RNA-seq analysis and transcriptome assembly of Salicornia neei reveals a powerful system for ammonium detoxification. Electronic Journal of Biotechnology, 58, 70-81.
 
10. Gaete, A., Andreani-Gerard, C., Maldonado, J. E., Munoz-Torres, P. A., Sepulveda- Chavera, G. F., & Gonzalez, M. (2022). Bioprospecting of Plant Growth-Promoting Traits of Pseudomonas sp. Strain C3 Isolated from the Atacama Desert: Molecular and Culture-Based Analysis. Diversity, 14(5).
 
11. Maldonado, J. E., Gaete, A., Mandakovic, D., Aguado-Norese, C., Aguilar, M., Gutiérrez, R. A., & González, M. (2022). Partners to survive: Hoffmannseggia doellii root-associated microbiome at the Atacama Desert. New Phytologist, 234(6), 2126-2139.
 
12. Santibáñez, P., Romalde, J., Maldonado, J., Fuentes, D., & Figueroa, J. (2022). First characterization of the gut microbiome associated with Mytilus chilensis collected at a mussel farm and from a natural environment in Chile. Aquaculture, 548, 737644.
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2021.737644
 
13. Eshel, G., Araus, V., Undurraga, S., Soto, D. C., Moraga, C., Montecinos, A., Moyano, T., Maldonado, J., Díaz, F. P., Varala, K., Nelson, C. W., Contreras-López, O., Pal-Gabor, H., Kraiser, T., Carrasco-Puga, G., . . . Gutiérrez, R. A. (2021). Plant ecological genomics at the limits of life in the Atacama Desert. Proceedings of the National
Academy of Sciences, 118(46), e2101177118.
 
14. Gaete, A., Pulgar, R., Maldonado, J. E., Hodar Quiroga, C., Zamorano, D., Pavez, L., Pastenes, C., González, M., & Mandakovic, D. (2021). Tomato cultivars with variable tolerances to water deficit differentially modulate the composition and interaction patterns of their rhizosphere microbial communities. Frontiers in Plant Science,12(1361).
 
15. Kuhn, N., Maldonado, J., Ponce, C., Arellano, M., Time, A., Multari, S., Martens, S., Carrera, E., Donoso, J. M., Sagredo, B., & Meisel, L. A. (2021). RNAseq reveals different transcriptomic responses to GA3 in early and midseason varieties before ripening initiation in sweet cherry fruits. Scientific Reports, 11(1), 13075.
 
16. Ortiz-Severín, J., Stuardo, C. J., Jiménez, N. E., Palma, R., Cortés, M. P., Maldonado, J., Maass, A., & Cambiazo, V. (2021). Nutrient Scarcity in a New Defined Medium Reveals Metabolic Resistance to Antibiotics in the Fish Pathogen Piscirickettsia salmonis. Frontiers in Microbiology, 12(2973).
 
17. Aguila-Torres, P., Maldonado, J., Gaete, A., Figueroa, J., Gonzalez, A., Miranda, R., Gonzalez-Stegmaier, R., Martin, C., & Gonzalez, M. (2020). Biochemical and Genomic Characterization of the Cypermethrin-Degrading and Biosurfactant-Producing Bacterial Strains Isolated from Marine Sediments of the Chilean Northern Patagonia. Marine Drugs, 18(5).
 
18. Arias, D., Maldonado, J., Silva, H., & Stange, C. (2020). A de novo transcriptome analysis revealed that photomorphogenic genes are required for carotenoid synthesis in the dark-grown carrot taproot. Molecular Genetics Genomics, 295(6), 1379-1392.
https://doi.org/10.1007/s00438-020-01707-4
 
19. Mandakovic, D., Pulgar, R., Maldonado, J., Mardones, W., González, M., Cubillos, F. A., & Cambiazo, V. (2020). Fungal Diversity Analysis of Grape Musts from Central Valley-Chile and Characterization of Potential New Starter Cultures. Microorganisms, 8(6).
 
20. Mandakovic, D., Cintolesi, A., Maldonado, J., Mendoza, S. N., Aite, M., Gaete, A., Saitua, F., Allende, M., Cambiazo, V., Siegel, A., Maass, A., Gonzalez, M., & Latorre, M. (2020). Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high-altitude desert environment. Scientific Reports, 10(1), 5560.
 
21. Miranda, R. M., Águila‐Torres, P., Aranda, C. P., Maldonado, J., & Casado, A. (2020). Taxonomy and diversity of bacterial communities associated with marine sediments from Chilean salmonid farms. Aquaculture Research, 52(4), 1605-1620.
https://doi.org/10.1111/are.15014